1479년 크리스티안 1세가 설립한 것으로, 1928년 오아피스대학이 설립될 때까지 덴마크 유일의 국립대학이었다. 스웨덴의 웁살라대학보다 2년 늦게 설립되었으나 오랫동안 북유럽 학술연구의 중추적 역할을 해왔으며, 특히 루터파 신학의 아성을 이루었다.
종교개혁기인 1530년 한때 폐쇄되었다가 크리스티안 3세에 의해 복교되었고, 19세기 이후 자연과학계를 중심으로 일대 발전을 이룩하였다. 국제적인 연구센터로서 N.H.D.보어가 지도한 이론 원자물리학 연구소가 유명하며, 신학, 사회과학, 의학, 인문과학, 수학 ·자연과학 등의 학부가 있다.