1559년 J. 칼뱅이 제네바에 세운 '제네바 아카데미'를 모체로 하여 1873년 의학부를 창설하면서 종합대학교가 되었다. 개교 이래 지역의 문화적 중심이자 칼뱅주의의 국제적 거점이 되었다. 17세기에 들어 한동안 쇠퇴 기미를 보였으나 프랑스에서 위그노 박해가 시작되면서 제네바가 위그노의 피난처가 되자 프로테스탄트 문화를 보급하는 구심점 역할을 하게 되었다.
2001년 새 학기 현재 과학부, 의학부, 예술·인문학부, 경제·사회과학부, 법학부, 프로테스탄트신학부, 교육과학·심리학부의 7개 학부와 건축대학, 번역·통역학교, 학부 부속학교 등으로 구성되어 있다. 과학부에는 수학과·물리학과·화학과·지구과학과·생물학과·약학과의 6개 학과가 있으며, 의학부에는 기초의학과와 임상의학과 및 치의학과, 문학부에는 프랑스어·문학과, 언어·문학과, 철학·역사학과가 있다. 경제·사회과학부에는 상학과, 경제과학과, 사회과학과가 있고, 법학부에는 사법(私法)학과와 공법학과의 2개 학과가 있다. 한편 교육과학·심리학부에는 교육과학과와 심리학과의 2개 학과가 있다.
부설시설로 루소 기념 교육과학연구소, 생물학·생화학 연구소, 체육·스포츠 연구소, 그리스도교 통합운동 연구센터, 동양학 연구센터 등이 있다. 2000년 현재 약 1만 명의 학생이 재학하고 있는데, 그 중 35%가 외국에서 온 유학생들이다. 교수도 35% 이상이 외국인으로, 국제도시 답게 국제화된 대학으로 유명하다.
1960년부터 1970년까지 10년 동안 이 대학에서 교수로 재직한 베르너 아르버(Werner Arber: 1929∼)가 1978년에 노벨 생리학·의학상을 수상하였다