약칭은 ‘BU’이다. 1839년 보스턴의 올드 브롬필드 스트리트교회(Old Bromfield Street Church)의 감리교 목사들과 신도들이 감리회의 지원을 받아 버몬트주(州) 뉴베리에 설립된 '메소디스트 종합성서연구소(Methodist General Biblical Institute)'이 모체이다. 1867년 보스턴으로 이전하여 ‘보스턴신학교(Boston Theological Institute)’로 이름을 바꾸었다가 1869년 감리교 신자인 실업가 리 클래플린(Lee Claflin), 제이콥 슬리퍼(Jacob Sleeper), 아이작 리치(Isaac Rich)의 청원으로 보스턴대학교로 인가를 받아 개편하였다. 이때부터 남녀 학생의 동시 입학이 이루어졌고 1871년 보스턴신학교를 흡수하여 신학대학으로 만들었다.